1 、設備方面的采購和選擇方面的問題
這方面的問題主要表現在：
（1）大多數藥廠車間凈化的投資方首要考慮的是設備的制冷主機是否便宜和廉價，因此就沒有嚴格的按照有效的性價比來確定好主機設備的生產廠家。
（2）選擇制冷主機的類型不夠恰當，藥廠車間凈化設計人員和投資方沒有進行有效的溝通，所以對于建筑物當中的各層房間的特點和使用途徑完全相對陌生，因此大多數情況都會選擇同一種類型的制冷主機來進行供冷操作。
（3）冷卻水泵和冷凍水泵所具有的揚程和流量過大，有很多藥廠車間凈化設計人員并沒有對冷卻水系統以及冷凍水系統來進行水力計算，大多數情況下都是依靠其本身所具有的經營來對系統的阻力進行估算，需要注意的是，在一些封閉式的冷凍水系統當中則需要考慮建筑物方面的樓層高度。
2、 藥廠車間凈化風系統方面的問題
風系統方面的設計問題主要有：
（1）風機盤管的加新風系統。這主要應用在辦公樓等相關的建筑物空調設計方面，可以從中發現很多新風支管，并將此類支管直接連接到風機盤管的回風箱上。
（2）新風口和排風口的位置設置不當。通常，新風口和排風口的位置或者高度過于相近、或者高度相同、新風口高排風口低等多種不當設置會導致短路情況的發生，甚至還有一些直接將新風口設置在衛生間的外窗上，明顯是一種設置不當的情況。
（3）風機盤在運行過程當中所造成的噪聲超標。這很有可能是因為風機盤管的吊桿長短不一，受力不平衡所造成的，也有可能是由于管道和風機盤之間沒有采取帆布軟接頭的連接方式。有時是由于排風口和風機盤之間的連接不夠機密所造成的，從而出現螺栓松動的情況。
3、藥廠車間凈化水系統設計方面的問題
水系統設計方面的問題主要表現在：
（1）冷凝水的排水處理問題。有些設計人員會將整層的冷凝水集中到冷凝立管當中進行排放，造成冷凝水排水的距離過遠，導致天花板的高度限制排水的有效坡度，從而出現冷凝水排水不暢，甚至直接出現漏水的情況。
（2）同程式和異程式。這兩者具有明顯的區別，其中同程式能夠有效的解決系統當中的水利平衡的問題，從而保證其供給的末端所需冷水流量充足，而在藥廠車間凈化空調水系統的設計當中，就需要重視系統方面的水利計算，盡量采取同程式的系統。
（3）空調管道當中產生冷凝露水，這是由于空氣中的水蒸氣遇到低溫空調水管道而產生結露的情況，同時也有可能是由于圖紙的標注不清晰或者是相應的保溫層設計的厚度無法滿足
凈化工程的要求等。
